根據《自治區黨委、自治區人民政府關于地(州、市)、縣(市、區)黨政機構改革的實施意見》(新黨發[2002]4號)精神，設置伊犁哈薩克自治州工商行政管理局。伊犁哈薩克自治州工商行政管理局為自治區工商行政管理直屬機構，負責本行政區域內的市場監督管理和有關行政執法工作，領導所屬縣(市)的工商行政管理工作。

機構設置

工商行政管理部門目前實行省以下垂直管理，伊犁州工商局直屬自治區工商行政管理局管理，現共轄伊寧市、奎屯市、伊寧縣、察布查爾縣、霍城縣、新源縣、鞏留縣、昭蘇縣、特克斯縣和尼勒克縣等10個縣市工商局，轄奎屯-獨山子經濟技術開發區、都拉塔口岸2個直屬工商分局和霍爾果斯口岸經濟開發區、伊寧邊境經濟技術合作區2個工商分局，共有33個工商所。

州局機關內設：辦公室、政策法規處、經濟檢查大隊、消費者權益保護處、市場監督管理處、組織人事教育處、計劃財務處、企業登記注冊處、經濟合同監督管理處、商標廣告監督管理處、企業(個私經濟)監督管理處、信息監督管理處、外資企業注冊監督管理處和食品流通監督管理處等15個直屬單位。有合同協會、企業個體私營經濟協會、消費者協會、廣告協會、非公有制經濟協調領導小組辦公室5個掛靠單位。